1999年6月24日から25日にかけてルクセンブルグで行われたEU環境大臣会合において、EU指令「90/220」を強化する方向で見直しが行われることとなった。また世論を反映して、新たな遺伝子組換え農作物の市場流通の認可の凍結が発表された。（モラトリアム）この凍結措置は法的な措置ではなく、加盟国間の「紳士的協定」としての措置として行われた。見直しについては、遺伝子組換え農作物の市場流通の認可に当たって、リスク評価の手続きの強化、一般への情報提供、適切な表示、添付書類により、耕作から最終消費までの追跡可能性（トレースアビリティ）の確保、認可する際に一般および科学者との協議過程の設定、認定期間を10年とする、新たな情報により認可の修正も可能とする、ことなどが内容とされている。
| オーストリア、ベルギー、フィンランド、ドイツ、オランダ、スペイン、スウェーデン | 環境および人の健康に何ら負の影響が無いことが示されるまでいかなるGMOの市場投入も承認しない。 |
| フランス、デンマーク、ギリシャ、イタリア、ルクセンブルグ | GMOおよびGMO由来製品に表示を行い、追跡調査できるような規制が採択されるまでは新たな承認の延期を申し立てる。 |
| イギリス、アイルランド、ポルトガル | 宣言に参加せず。 |
・2004年4月18日：ＥＵのＧＭＯ表示・トレーサビリティー新規則が発効
遺伝子組み換え体（ＧＭＯ）を含み、あるいはＧＭＯから生産される製品の表示・トレーサビリティーに関するＥＵの新たな規則が4月18日に発効した。事業者は市場の各段階でこれらの製品に関する情報を伝達、5年間にわたり保存しなければならなくなる。また、ＧＭＯを0.9％以上含む食品・飼料は、偶然または技術的に不可避であることを証明しないかぎり、「ＧＭＯを含む」とか「ＧＭＯから生産された」と表示しなければならない。新規則発効で重大なを影響を受けるのは、おそらく米国食品産業・農業だろう。米国大豆の80％はGM大豆だ。今まではＧＭ成分の痕跡が残らない大豆加工食品（大豆油など）や飼料成分に「表示」の必要はなかったが、今後は表示を強制される。表示をすれは、ヨーロッパは受け入れないだろう。表示の「汚名」を避けるためには、代替品を開発するか、一部企業はヨーロッパに移転することになるだろう。モラトリアム解除で輸出は可能になるとしても、ＧＭ食品・飼料を輸出しようとすれば、農業生産から輸出にいたるすべての段階の関係業者は記録を作り、5年間保存しなければならない。全米コーン栽培者協会は、このペーパーワークは「気が遠くなる」、このシステムは「極度に高くつく」と言う。
米国の主要農業・食品団体は、ＥＵの表示・トレーサビリティー新ルールは重大な貿易障壁になると言い、WTO提訴を政府に強く迫っている。ＥＵのルールは世界を主導するおそれがあるから、米国業界は世界中で同様の問題に直面することになるだろう。米国業界によれば、実際、既に米国の上位輸出国25のうち、20が表示ルールを採択している。ＥＵは5月から25ヵ国に増えるから（ＥＵ拡大）、ＥＵと同様なルールを採用する国は一気に10ヵ国増える。世界最大の食品団体・アメリカ食料品雑貨製造者協会の国際貿易部長は、「これらのルールは世界経済全体にとって重大な意味をもつ」と言う。ＧＭ作物導入による農業開発加速を狙う途上国もとばっちりを受けるだろう。